Filogenia y resistencia de cepas de Escherichia coli productoras de betalactamasas de espectro extendido a los antibióticos en pacientes con cáncer hospitalizados en Perú / Phylogeny and antimicrobial resistance of extended-spectrum beta-lactamase- producing Escherichia coli from hospitalized oncology patients in Perú

Introducción. Las infecciones asociadas con la atención en salud constituyen un problema de salud pública porque aumentan la morbimortalidad de los pacientes, sobre todo de aquellos con factores de riesgo, como la inmunosupresión debida a enfermedades oncológicas. Es importante conocer la diversidad genética de los principales microorganimos causantes de infecciones hospitalarias mediante la vigilancia epidemiológica tradicional y la epidemiología molecular, para hacer un mejor seguimiento y detectar brotes tempranamente. Objetivo. Determinar el grupo filogenético y la resistencia a antibióticos de las cepas de Escherichia coli aisladas de pacientes con cáncer hospitalizados. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de tipo transversal que incluyó 67 cepas de Escherichia coli productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Se determinó el grupo filogenético, el perfil de resistencia a los antibióticos, los genes de resistencia a betalactámicos, el tipo de las muestras y los servicios de hospitalización de donde fueron recuperadas. Resultados. El grupo filogenético más frecuente fue el B2 (36 %). El 57 % de las cepas B2 fueron aisladas de muestras de orina y el 33 % provenía del servicio de urología. La resistencia a ciprofloxacino y gentamicina fue de 91 y 53 %, respectivamente, y el 79 % de las cepas tenía el gen blaCTX-M. Se encontró una relación significativa (p<0,05) entre los grupos filogenéticos y la resistencia a ciprofloxacina, así como a la edad del paciente. Conclusión. El filogrupo de E. coli predominante fue el B2. Se evidenció una gran resistencia a ciprofloxacina y gentamicina, una proporción elevada de cepas BLEE con el blaCTX-M, y una relación entre el grupo filogenético y la resistencia a ciprofloxacino.

Introduction: Healthcare-associated infections are a public health problem due to the increased morbimortality of patients, especially those with risk factors such as immunosuppression due to oncological diseases. It is essential to determine the genetic diversity of the main microorganisms causing healthcare infections by combining traditional epidemiological surveillance and molecular epidemiology for better outbreak follow-up and early detection. Objective: To determine the phylogenetic group and antibiotic resistance of Escherichia coliisolated from hospitalized oncologic patients. Materials and methods: We conducted a cross-sectional study of 67 strains of ESBL-producing Escherichia coli to determine their phylogenetic group and described their antibiotic resistance profile, beta-lactam resistance genes, as well as the type of sample and the hospitalization areas from which they were recovered. Results: The most frequent phylogenetic group was B2 (36%); 57% of B2 strains were isolated from urine and 33% came from the urology department. Resistance to ciprofloxacin and gentamicin was 92% and 53%, respectively, and 79% of the strains had the blaCTX-Mgene. A significant association (p<0.05) was found between the phylogenetic groups, ciprofloxacin resistance, and the age of the patients. Conclusion: The predominant E. coli phylogroup was B2. We evidenced high resistance to ciprofloxacin and gentamicin, a high proportion of ESBL strains with the blaCTX-M gene, and a significant association between the phylogenetic group and the resistance to ciprofloxacin.

Enterobacterales productores de betalactamasas de espectro extendido portadores del gen mcr-1 en Lima, Perú / Extended-spectrum beta-lactamase-producing enterobacterales carrying the mcr-1 gene in Lima, Peru

RESUMEN Se analizó la presencia del gen mcr-1 en 165 enterobacterales productores de betalactamasas de espectro extendido (EP-BLEE) recuperados en 2017 de sangre (40), orina (57), secreciones respiratorias bajas (12) e hisopados rectales (56) de pacientes hospitalizados en el Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (Perú). La identificación y la susceptibilidad antimicrobiana se determinaron por el sistema automatizado Phoenix M50; la resistencia a colistina por Colistin Agar-Spot (CAS); la detección de mrc-1 por el método fenotípico de predifusión de colistina e inhibición con EDTA (CPD-E) y por reacción en cadena de la polimerasa (PCR, por sus siglas en inglés). De los 165 EP-BLEE 25 fueron positivos para mcr-1 por el método CPD-E y se confirmó por PCR. Por el método CAS, 20/165 fueron resistentes a colistina. Además, mostraron resistencia a las fluoroquinolonas y a la gentamicina, y permanecieron sensibles a la amikacina; dos aislamientos presentaron metalocarbapenemasas. La obtención de datos sobre la resistencia a antimicrobianos considerados de última línea (colistina) es crucial para establecer medidas para su control.

ABSTRACT We analyzed the presence of the mcr-1 gene in 165 extended-spectrum beta-lactamase-producing enterobacterales (ESBL-PE) obtained during 2017, from blood (40), urine (57), lower respiratory secretions (12) and rectal swabs (56) of patients hospitalized in the Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (Peru). Antimicrobial identification and susceptibility were determined by the Phoenix M50 automated system; colistin resistance by Colistin Agar-Spot (CAS); mrc-1 detection by colistin pre-diffusion and inhibition with EDTA test (CPD-E) and by polymerase chain reaction (PCR). We found that from the 165 ESBL-PE, 25 were positive for mcr-1 by the CPD-E method and confirmed by PCR. Colistin resistance was found in 20/165 by using the CAS method. Additionally, they showed resistance to fluoroquinolones and gentamicin, while remaining sensitive to amikacin; two isolates presented metallo-carbapenemases. Obtaining data on resistance to last-line antimicrobials (colistin) is crucial to establish measures for its control.

Presencia de genes fimH y afa en aislamientos urinarios de Escherichia coli productora de betalactamasas de espectro extendido en Lima, Perú / Presence of fimH and afa genes in urinary isolates of extended-spectrum beta-lactamases producing Escherichia coli in Lima, Peru

RESUMEN Con el objetivo de determinar la presencia de los genes fimH y afa en aislamientos urinarios de Escherichia coli productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE), se realizó un estudio descriptivo, con aislamientos del cepario del proyecto TO-06/09 del Instituto Nacional de Salud del Niño en Lima, Perú. Se incluyeron 75 aislamientos urinarios de Escherichia coli. La identificación de genes se realizó por reacción en cadena de la polimerasa. De los 75 aislamientos, 74 (98,7%) fueron positivos para el gen fimH y 6 (8,0%) fueron positivos para el gen afa. Se evidenció la presencia de los factores de virulencia producidos por los genes fimH y afa en aislamientos urinarios de Escherichia coli productoras de BLEE.

ABSTRACT Descriptive study conducted in order to determine the presence of the fimH and afa genes in urinary isolates of extended-spectrum beta-lactamases (ESBL) producing Escherichia coli. Isolates from project TO-06/09 of the Instituto Nacional de Salud del Niño in Lima, Peru were used. A total of 75 urinary isolates of Escherichia coli were included. Gene identification was performed by polymerase chain reaction. From the 75 isolates, 74 (98.7%) were positive for the fimH gene and 6 (8.0%) were positive for the afa gene. Virulence factors produced by the fimH and afa genes were evident in urinary isolates of ESBL producing Escherichia coli.

Diagnóstico serológico de la infección por Fasciola hepática: una revisión sistemática / Serological diagnosis of Fasciola hepatica infection: a systematic review

RESUMEN Introducción: La fascioliasis es una enfermedad causada por el parásito Fasciola hepática, según su cuadro clínico puede clasificarse en dos fases: aguda y crónica, actualmente el diagnóstico se realiza durante la fase crónica, sin embargo, la detección temprana permitiría brindar un tratamiento eficaz y oportuno. Objetivo: Este estudio se realiza con el objetivo de evaluar la validez diagnóstica de las pruebas serológicas para el diagnóstico oportuno de fascioliasis hepática. Materiales y métodos: se realizó una búsqueda sistemática de la literatura en Embase, MedLine, Cochrane Library y LILACS. La selección de estudios se realizó mediante pares de revisores, se seleccionaron estudios de pruebas diagnósticas utilizando: ELISA, ELISA indirecto, ELISA rápido, Fas2 ELISA, Arco2 comparada con técnicas de sedimentación para el diagnóstico de fascioliasis hepática en adultos. Los estudios fueron evaluados mediante la herramienta QUADAS-2. Resultados: Se identificaron siete estudios que responden a la pregunta PICO, con un total de 1317 muestras de suero humano, las pruebas reportaron alta sensibilidad y especificidad, FhTA, ELISA, número de estudios y participantes identificados, estimadores resumen con los correspondientes intervalos de confianza/credibilidad, también se puede discutir el ranking de tratamientos. Discusión: en general la especificidad de las pruebas serológicas fue ligeramente superior que la sensibilidad, existe evidencia de moderada a baja calidad que reporta su rendimiento, sin embargo, la calidad de la evidencia y la heterogeneidad entre los estudios no permite determinar su utilidad durante la fase aguda de la enfermedad. Se necesitan más estudios al respecto. Los estudios fueron clínicamente heterogéneos entre ellos.

ABSTRACT Introduction: Fascioliasis is a disease caused by the parasite Fasciola hepatica, according to its clinical picture, it can be classified into two phases: acute and chronic, currently the diagnosis is made during the chronic phase, however, early detection would allow to provide an effective treatment and timely. Objetive: This study is carried out with the objective of evaluating the diagnostic validity of serological tests for the timely diagnosis of hepatic fascioliasis. Materials and methods: a systematic search of the literature was carried out in Embase, MedLine, Cochrane Library and LILACS. Study selection was performed by pairs of reviewers, diagnostic test studies were selected using: ELISA, indirect ELISA, rapid ELISA, Fas2 ELISA, Arco2 compared to sedimentation techniques for the diagnosis of hepatic fascioliasis in adults. The studies were evaluated using the QUADAS-2 tool. Results: Seven studies were identified that answer the PICO question, with a total of 1,317 human serum samples, the tests reported high sensitivity and specificity, FhTA, ELISA, number of studies and participants identified, summary estimators with the corresponding confidence intervals / credibility, and the ranking of treatments. Discussion: In general, the specificity of the serological tests was slightly higher than the sensitivity, there is evidence of moderate to low quality that reports their performance, however, the quality of the evidence and the heterogeneity between the studies do not allow determining its usefulness during the acute phase of the disease. More studies are needed in this regard. The studies were clinically heterogeneous between them.

Marcadores de resistencia plasmídica a quinolonas qnr en aislamientos clínicos de enterobacterias productoras de betalactamasas CTX-M en Lima, Perú / Markers of plasmid resistance to qnr quinolones in clinical isolates of CTX-M beta-lactamases-producing enterobacteria in Lima, Peru

RESUMEN Con el objetivo de reportar marcadores de resistencia plasmídica a quinolonas qnr en aislamientos clínicos de enterobacterias productoras de betalactamasas CTX-M, se realizó un estudio descriptivo, con aislamientos del cepario del proyecto TO-06/09 del Instituto Nacional de Salud del Niño. Se recuperaron 138 aislamientos. La susceptibilidad antimicrobiana se determinó por el método de disco difusión y la identificación de genes por reacción en cadena de la polimerasa. De los 138 aislados, 67 (48,5%) fueron positivos para proteínas qnr por el método genotípico. De los cuales 38 (56,7%) presentaron determinantes qnrB y 48 (71,6%) determinantes qnrS. Ningún aislado presentó determinantes qnrA. Se detectó determinantes qnr en aislamientos que presentaban betalactamasas CTX-M en una población no expuesta.

ABSTRACT Aimed at reporting markers of plasmid resistance to qnr quinolones in clinical isolates of CTX-M beta-lactamase-producing enterobacteria, a descriptive study was conducted with isolates from the strain repository of TO-06/09 project of the National Children´s Health Institute. 138 isolates were recovered. Antimicrobial susceptibility was determined by the diffusion disk method, and gene identification by polymerase chain reaction. Of the 138 isolates, 67 (48.5%) were genotypically positive for qnr proteins; of these, 38 (56.7%) had qnrB determinants and 48 (71.6%) had qnrS determinants. No isolate presented qnrA determinants. qnr determinants were detected in isolates containing CTX-M beta-lactamases in a non-exposed population.

Enterobacterias productoras de betalactamasas de espectro extendido en muestras fecales en el Instituto Nacional de Salud del Niño, Perú / Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing enterobacteriaceae in fecal samples at the National Institute of Child Health, Peru

Objetivos. Describir la frecuencia de enterobacterias productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE) en muestras fecales en el Instituto Nacional de Salud del Niño, Lima, Perú. Materiales y métodos. Se analizaron muestras de heces recibidas entre julio de 2012 y marzo de 2013, se trabajó con colonias sospechosas de ser enterobacterias productoras de BLEE que se desarrollaron en el agar Karmali; se realizó la identificación bioquímica por métodos convencionales y la confirmación del fenotipo BLEE. El análisis genotípico para detectar el gen de betalactamasa de la familia CTX-M se realizó por PCR. Resultados. De 235 muestras fecales se aisló un 64,2% de enterobacterias productoras de BLEE siendo Escherichia coli 86,1%, Klebsiella pneumoniae 7,9%, Salmonella sp. 2,6%, Enterobacter cloacae 2,0% y Proteus mirabilis 1,3%. El 89,1% de las enterobacterias productoras de BLEE presentaron el gen blaCTX-M. Se encontró una alta resistencia al ácido nalidíxico 84,8%, ciprofloxacina 74,2% y trimetoprimsulfametoxazol 81,5%. La resistencia a la amikacina fue de 1,3% y todos los aislados fueron sensibles al imipenem y meropenem. Conclusiones. Se encontró una alta frecuencia de enterobacterias productoras de BLEE en muestras fecales de pacientes ambulatorios atendidos en los consultorios externos y emergencia del Instituto Nacional de Salud del Niño en Perú.

Objectives. To describe the frequency of extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing enterobacteriaceae in fecal samples at the National Institute of Child Health, Lima, Peru. Materials and methods. Stool samples received between July 2012 and March 2013 with colonies suspected to be ESBL-producing enterobacteriaceae that developed in Karmali agar were analyzed. Conventional methods were performed for biochemical identification and the confirmation of the ESBL phenotype. Genotypic analysis to detect the beta-lactamase gene CTX-M family was performed by PCR. Results. Of the 235 fecal samples analyzed, 64.2% of ESBL-producing enterobacteria was isolated being 86.1% Escherichia coli, 7.9% Klebsiella pneumoniae, 2.6% Salmonella sp, 2.0% Enterobacter cloacae, and 1.3% Proteus mirabilis. 89.1% of the ESBL-producing enterobacteria presented the CTX-M gene. We found high resistance to nalidixic acid 84.8%, 74.2% ciprofloxacin and trimethoprim-sulfamethoxazole 81.5%.The resistance to amikacin was 1.3% and all isolates were susceptible to imipenem and meropenem. Conclusions. A high frequency of ESBL-producing enterobacteria was found in fecal samples of outpatients seen in the outpatient and emergency departments of the National Institute of Child Health of Peru.

Aislamiento de Candida albicans de hisopado nasal y faríngeo en alumnos de secundaria / Isolation of Candida albicans from high school students' nasal and throat samples

Introducción: Candida sp puede encontrarse como comensal en equilibrio en la cavidad bucal humana; pero, en la población pediátrica y adolescente con un sistema inmune inmaduro las condiciones de la levadura se tornarían favorables para su patogenia. Objetivo: Determinar la presencia de Candida albicans en secreción faríngea y nasal en alumnos de educación secundaria. Diseño: Estudio descriptivo transversal. Lugar: Instituto de Medicina Tropical, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú. Participantes: Alumnos del 4to (52) y 5to (50) años de secundaria. Intervenciones: En octubre del 2007, las muestras nasales y faríngeas de 102 estudiantes de 14 a 17 años fueron colectadas en medios de transporte y luego cultivadas en los laboratorios del Instituto de Medicina Tropical, en agar sabouraud y CHROMOagar Candida. Se identificó las colonias sospechosas de Candida sp mediante el estudio de clamiodoconidias, tubo germinativo y pruebas metabólicas. Principales medidas de resultados: Identificación de levaduras de Candida sp. Resultados: Se aisló levaduras del género Candida en 11 de los escolares (10,8 por ciento). El 36,4 por ciento de las levaduras presentó resistencia moderada al antimicótico fluconazol. Conclusiones: Es recomendable continuar con estudios de vigilancia epidemiológica sobre las levaduras de importancia médica en portadores nasofaríngeos, con el fin estar preparados ante eventuales cuadros infecciosos...

Objective: To determine the presence of Candida albicans in throat and nasal secretion in high school students. Design: Cross-sectional study. Setting: Institute of Tropical Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Peru. Participants: High school students from San Juan Macias School in Santa Anita, Lima, Peru. Interventions: Nasal and throat samples were collected from 102 14-17 year-old students. Samples were grown on sabouraud agar and Candida CHROMOagar and identified by chlamydospores study and metabolic tests. Main outcome measures: Identification of C. albicans yeast. Results: Candida yeast was isolated from 11 students (10.8 per cent). A significant percentage of yeast (36.4 per cent) developed moderate resistance to fluconazole. Conclusions: Continuous surveillance of medically important yeasts in nasopharyngeal carriers is suggested in order to be prepared for eventual infectious conditions...

Identificaci¢n de Arcobacter en heces de ni¤os y adultos con/sin diarrea y en reservorios animales / Identification of Arcobacter in children and adult feces with/without diarrhea, and in animal reservoirs

Introducci¢n: Los microorganismos del g‚nero Arcobacter, considerados pat¢genos zoon¢ticos emergentes, son morfol¢gicamente similares a Campylobacter. Los reportes de Arcobacter como agente etiol¢gico de diarrea en humanos en Am‚rica Latina son escasos. En el Per£ no se ha comunicado su aislamiento en heces de humanos o en animales. Objetivos: Conocer la prevalencia de Arcobacter en heces de ni¤os y adultos con/sin diarrea y en animales: aves, ganado vacuno, porcino, peces y mariscos. Dise¤o: Estudio descriptivo transversal. Instituci¢n: Instituto de Medicina Tropical Daniel A. Carri¢n, Universidad Nacional Mayor de San Marcos; Instituto Nacional de Salud del Ni¤o; Instituto Materno Infantil de San Bartolom‚; y Hospital Arzobispo Loayza, Lima, Per£. Material biol¢gico: Aislamientos bacterianos de muestras de heces de humanos y animales. Intervenciones: B£squeda activa de Arcobacter sp. en heces de humanos y animales, de julio a octubre del 2011. Principales medidas de resultados: Prevalencia de Arcobacter en heces. Resultados: Se encontr¢ Arcobacter sp. en muestras de ni¤os con diarrea (2/100), pero no sin diarrea (0/97); en 52 muestras de adultos con diarrea y 180 sin diarrea; solo se le aisl¢ en una muestra correspondiente a una persona sin diarrea. Entre las especies animales, las especies con mayor prevalencia de Arcobacter sp fueron bovinos (25 por ciento) y porcinos (29,2 por ciento). Entre las especies marinas, las dos especies de mariscos estudiadas presentaron prevalencias altas: choro 24 por ciento (12/50) y langostinos 22 por ciento (11/50). Conclusiones: Arcobacter es un germen zoon¢tico, potencialmente pat¢geno para el ser humano, en particular para los ni¤os. Debe ser estudiado sistem ticamente en especies animales utilizadas para el consumo humano. As¡ mismo, es importante realizar estudios relacionados con aspectos ecol¢gicos, su comportamiento frente a los antimicrobianos y su transmisibilidad al ser humano.

Introduction: Microorganisms of the genre Arcobacter considered emerging zoonotic pathogens are morphologically similar to Campylobacter. Reports of Arcobacteras as etiologic agent of diarrhea in humans in Latin America are scarce. In Peru its isolation in feces of humans or animals has not been reported. Objectives: To determine the prevalence of Arcobacter in feces of children and adults with/without diarrhea and in animals: birds, cattle, pigs, fish and seafood. Design: Cross-sectional study. Setting: Institute of Tropical Medicine Daniel A. Carrion, Universidad Nacional Mayor de San Marcos; National Institute of Child Health; Maternal and Child San Bartolome Institute; and Arzobispo Loayza Hospital. Biologic material: Bacterial isolates from stool samples of humans and animals. Interventions: Active search of Arcobacter sp. in human and animal feces, from July to October 2011. Main outcome measures: Prevalence of Arcobacter in feces. Results: Arcobacter sp. was found in samples from children with diarrhea (2/100), but not in those without diarrhea (0/97). In samples of adults with diarrhea (52) and without diarrhea (180), only one sample was isolated from a subject without diarrhea. Among animals, species with higher prevalence of Arcobacter sp were cattle (25 per cent) and swine (29.2 per cent). Among marine species, the two seafood species studied showed high prevalence: choro 24 per cent (12/50) and prawns 22 per cent (11/50). Conclusions: Arcobacter is a zoonotic germ potentially pathogenic to humans, particularly in children. Animal species used for human consumption should be studied systematically. It is important to perform studies on ecological aspects, behavior against antimicrobials and transmissibility to humans.